يشاع ان بعضاً من اعالي عشائر الدايمو قد كانوا من النينجا واستغلوا دورهم كصياديّ نينجا لابعاد الشك في تورطهم باساليب وتدريب النينجا "الغير مشرفة". بالرغم من تصنيفهم كقتلة، إلا أن كثير من كانوا محاربين بمعنى الكلمة. في كتاب هايس "الفنون السرية للنينجا"، هاتوري هانزو، واحد من أكثر مقاتليَ النينجا شهرةً ،مصوّر في درع شبيه لذلك المستخدم لمقاتليّ الساموراي، وقد ذكرهايس بأنّ اولئك الذين سجّلوا تاريخ النينجا قد كانت لهم مراكز عالية في الدكتاتوريات العسكرية، كما أن دارس التاريخ يجب أن يفهم بأنّ تاريخ النينجا قد سجل من قبل ملاحظين كتبوا عن نشاطاتهم كما ترى من الخارج.
النينجتسو لم يكم فن واضح المعالم منذ بدأه، وقد مرت عدة عصور قبل تاسيس النينجتسو كنظام معرفة مستقل بحقوقه الخاصة، تطوّر فن النينجتسو كثقافة غير شرعية ومضادة للمجموعة الحاكمة الساموراي، ولهذا السبب غُطت اصول فن النينجتسو بقرون من الغموض، الاخفاء وتشويش متعمد. كتاب "النينجا التاريخي" لسوكي ماساكي هاتسومي. المنظمة التاريخية: بتاريخهم، مجموعات النينجا كانت صغيرة واقتصر بناؤها حول العوائل والقرى، تطور لاحقاً إلى تدرج قتالي كان له قدرة أكبر على التشبك مع الساموراي والدايمو. مقاتليّ نينجا معينين دربوا مجموعات في القرى لحمايتها من المهاجمين والسارقين. بينما مقاتل النينجا يصوّر في أغلب الأحيان كمقاتل ذكر، وان المهن العسكرية وذات العلاقة قد حددت بشكل خاص إلى الذكور، الاناث كنّ بافتراض من النينجا أيضاً، ومقاتلة النينجا الانثى تدعى بـ"كونويجي"، رموز هذه الكلمة مشتقة من الخطوط الي تشكل كلمة "امرأة" بكتابة الكانجي باليابانية، وقد اعتبروا في بعض الأحيان كجاسوسات عرفن اسرار العدو باستخدام الاغراء، ويحتمل انهن استخدموا كخدم في بيوت الاعداء مما يجعلهم بوضع يمكنهم من الاستماع لمعلومات ثمينه حقاً، في كلتا الحالتين لا يوجد هناك دعم تاريخي للمعنى الحديث لمقاتلة النينجا ،وقد استخدموا على الارجح كجواسيس وسعاة، ويجب ملاحظة ان الدعم التاريخي لكل سمات النينجا تفتقر إلى جهات متعددة لذلك ان جنس هؤلاء القتلة الخلسين ليس محدد على وجه التأكيد. النينجا كمنظمة قتالية كان لها الكثير من القوانين وابقوا الاسرار التي امروا بها من قبل عشيرة النينجا والدايمو بانها الأكثر اهمية.
